Jean-Pierre Pernaut naît le 8 avril 1950 dans la Somme, à Amiens. Il grandit à Quevauvillers avec son frère de huit ans son aîné, Jean-François.

Avec l’instituteur, les écoliers fabriquent un petit journal local, L’Equitum Villa, distribué dans tout le village. Il passe une jeunesse sportive, entre karting, ski et hockey sur gazon, discipline dans laquelle il se distingue avec trois titres de Champion de France à la fin des années 60. En classe de troisième Jean-Pierre Pernaut effectue un stage au Courrier Picard. Sa vocation est née, il souhaite devenir journaliste et décroche son diplôme à l’Ecole supérieure de journalisme de Lille.

En 1972, Jean-Pierre Pernaut fait ses armes au bureau régional de l’ORTF d’Amiens-Picardie. Après l’éclatement de l’ORTF en décembre 1974, il est contacté par Christian Bernadac qui lui propose la présentation du Journal de 23 h sur la nouvelle chaîne, TF1. Puis entre 1978 et 1980, il coprésente le Journal de 13 h avec Yves Mourousi. Le journaliste s’affaire ensuite à diriger différents services au sein de la chaîne; Industrie, Enquêtes et reportages, Tourisme…En 1988, Patrick Le Lay lui propose les commandes de la présentation du Journal de 13 h pour succéder au duo Yves Mourousi et Marie-Laure Augry – poste qu’il occupe depuis le 22 février 1988.

Le journaliste, très attaché à sa région natale, opère un changement dans le choix des sujets et réoriente la ligne éditoriale vers une plus grande proximité. Il met en place un réseau de correspondants dans les régions françaises pour relayer des sujets terroirs. La formule est un succès, le présentateur, défenseur des traditions régionales, devient très populaire et réalise des records d’audience (environ 6,5 millions de téléspectateurs) et rafle trois 7 d’or (1996, 1999 et 2003). Parallèlement, il présente depuis 1991 le magazine destiné aux consommateurs Combien ça coûte ? qui dénonce les gaspillages en tout genre. Depuis 2002, Jean-Pierre Pernaut est directeur adjoint de l’information de TF1.

En dehors de l’information, le journaliste s’épanouit sur d’autres terrains; passionné de vitesse, il participe régulièrement à des compétitions automobiles dont le Trophée Andros. Au théâtre, il est coscénariste avec sa femme de la pièce Piège à Matignon, jouée à Paris en février 2012, qui se joue désormais sur les scènes en province.

Le 25 septembre 2018, Nathalie Marquay révèle sur son compte Instagram que Jean-Pierre Pernaut est atteint d’un cancer de la prostate. Après plusieurs semaines, le journaliste revient à l’antenne.

Le 17 mars 2020, Jacques Legros remplace Jean-Pierre Pernaut qui quitte la présentation du 13h pour une durée indéterminée, en raison de l’épidémie de coronavirus.

Côté vie privée, Jean-Pierre Pernaut a épousé Nathalie Marquay, Miss France 1987, à la mairie de Louveciennes suivi d’une bénédiction oecuménique au Temple protestant des Billettes à Paris, le 23 juin 2007. Le 8 décembre 2001, lors de l’élection de Miss France 2002 à Mulhouse, Geneviève de Fontenay les place côte à côte. Le couple a deux enfants; Lou (née en 2002) et Tom (né en 2003). En février 2006, le journaliste publie un livre, Je vais vous dire…(Michel Lafon), dans lequel il revient sur une période douloureuse que son couple a traversée durant l’été 2005 après la participation de Nathalie Marquay à l’émission de téléréalité La Ferme Célébrités sur TF1. Le journaliste a deux autres enfants, nés d’un premier mariage avec Dominique Bonnet, Julia et Olivier.